A seguito della riorganizzazione del Ministero dei beni e delle attività culturali e del turismo avvenuta con il decreto del presidente del consiglio dei ministri 2 dicembre 2019, n. 169 art. 40 il Segretariato svolge funzioni in diverse aree tematiche. 

Nel settore della tutela agisce in raccordo con la Commissione Regionale per il patrimonio culturale e con la Soprintendenza territoriale per la protezione e la conservazione del patrimonio culturale presente nella regione.

Insieme alla Direzione Generale Turismo, alla Direzione Regionale Musei Molise, alla Regione Molise e agli enti locali presenti nel territorio, svolge un ruolo centrale nel settore del turismo con compiti di valorizzazione, elaborazione e promozione dell’eccellenza paesaggistica, dei percorsi e degli itinerari turistico-culturali. Agisce inoltre per promuovere le identità territoriali e le radici culturali delle comunità locali. 

Si occupa anche di relazioni sindacali, di contrattazione collettiva a livello regionale e in generale svolge funzioni di supporto alle strutture centrali del Ministero per le questioni che riguardano il territorio di competenza.